Initiatieven
De zestiende eeuw is een overgangsperiode in de geschiedenis van West-Zeeuws-Vlaanderen, maar tegelijkertijd een erg belangrijke eeuw. Even voor het einde van de eeuw, in 1493, had zich bestuurlijk een belangrijke wijziging voorgedaan, toen het als deel van Vlaanderen bij het Duitse rijk onder het Habsburgse Huis was gevoegd.

Het was vooral voor de streek een kommervolle tijd. Economisch ging het slecht. De streek ontvolkte en verarmde, ondanks pogingen om de kwalitatieve staat van de waterwegen te verbeteren en ondergelopen land weer in te dijken. Waar voorheen de initiatieven tot dergelijk herstel uit de streek zelf kwamen, werden ze nu ondernomen door notabelen en bestuurders van buiten. Pogingen om de Zwinverbinding te verbreden en opnieuw bevaarbaar te maken, kwamen uit Brugge. Zij hadden eer een averechts effect. Andere hadden meer succes. Zo wisten leden van de Brugse families De Baenst en Adornis, door bedijkingen enkele kleine polders te winnen ten noorden van Nieuwvliet. En veel grotere inspanning was de aanleg van de ver zuidelijk gelegen Graafs-Jansdijk. Die werd opgeworpen na de stormvloed van 1375 en liep van Hoek, Philippine en Boekhoute en vandaar verder naar het westen. De Landdijk (soms wordt ten onrecht eveneens de naam Graaf-Jansdijk gebruikt) kwam een eeuw later tot stand en begon even ten westen van Terneuzen en maakte via Axel en Sas van Gent een bocht om bij Boekhoute aan te sluiten op de oudere Graaf-Jansdijk.

De rampen van 1530 en 1532
De totstandkoming van de genoemde dijken en polders vielen in het niet bij de catastrofale verwoesting die de overstromingen van 1530 en 1532 aanrichtten.

5 November 1530, Sint-Felix Quade Saturdach, is een van de fatale data in de geschiedenis van West-Zeeuws-Vlaanderen. De kust met het eiland Cadzand, het pas gestichte Nieuwvliet, Gaternesse (een stadje bij het huidige Hoofdplaat) en het veel geplaagde Biervliet – in al deze gebieden heerste een noodtoestand. De besturen stonden met hun toenmalige organisatiestructuur, kennis en technische en financiële middelen nagenoeg machteloos. Velen verdronken, polders stonden onder water en het landverlies was groot. Ook de schade aan de infrastructuur en waterstaatswerken was enorm.

Ondanks de ravage begon men in 1531 met het herstel, waarvoor de keizerlijke overheid een grote subsidie beschikbaar stelde. Maar al een jaar later, op 2 november 1532, was het weer raak. Nagenoeg dezelfde plaatsen werden opnieuw getroffen door een enorme stormvloed, waarvan de gevolgen zelfs nog erger zijn dan die van 1530.

Weer een beetje opveren
De overheid trok in de jaren daarna andermaal geld uit voor herstel. Op vrije grote schaal werd herbedijkt, ingepolderd, land teruggewonnen op de zee, bijvoorbeeld bij Cadzand en Biervliet. Al met al verdienstelijke wederopbouwarbeid. Mogelijk werd in de periode daarna het herstel begunstigd door een klimaatsverkilling, die gepaard ging met een verandering van de waterstromen. Dat heeft het aantal extreme stormvloeden vanaf de tweede helft van de zestiende eeuw waarschijnlijk verminderd. De streek veerde weer een beetje op. De bloeitijd van weleer, van een dichtbevolkt, hoogproductief platteland en dynamische haven- en handelssteden was echter voorbij.

Persoonlijk geloof en persoonlijke vroomheid
In de zestiende eeuw werd een belangrijk nieuw geloofsinitiatief geïntroduceerd, de Reformatie. Het was gericht op een nieuwe devotie, die dichter bij de bijbel stond en meer dan voorheen de persoonlijke overtuiging en de persoonlijke vroomheid benadrukte. Het begon in 1517 met Maarten Luther, die aanvankelijk alleen de katholieke kerk wilde hervormen. Hij maakte deel uit van een lange traditie van hervormingsbepleiters. In dezelfde traditie stond een eeuw eerder ook bijvoorbeeld pater Brugman, die een tijd in het klooster van Sluis geleefd had.

Toen bleek dat de kerk strikte loyaliteit boven hervorming stelde, scheidde Luther zich af. Zijn beweging groeide in populariteit, begon te radicaliseren en verspreidde zich, geholpen door de politiek, snel over Noord-Europa. Door verdergaande radicalisering (volgens de tegenstanders) en geloofsverdieping (volgens de aanhangers) splitste de beweging zich in verschillende richtingen, waarvan die van de wederdopers/doopsgezinden (vanaf ongeveer 1530) en calvinisten (vanaf 1550) voor de Nederlanden de voornaamste waren. In reactie op het steeds militantere denken en gedrag, trad ook de katholieke kerk en de centrale regering strenger op - aanvankelijk waarschuwend, later repressief.

Minderheid en kerkhervorming
De Nederlanden, vooral Antwerpen en Vlaanderen, kwamen al binnen een paar jaar met het ‘protestantisme’ in contact. Het werd zeker niet direct algemeen omarmd. Door gehechtheid aan het traditionele geloof, maatregelen van de overheid en vooral het extreme, niet zelden extremistische karakter van protestanten bleven de meeste mensen katholiek. De belangrijkste reden was wellicht dat ook de katholieke kerk zichzelf door hervormingen vernieuwde, zich in de zogeheten Contrareformatie van uitwassen zuiverde en een radicaal-katholiek geloof en gedrag propageerde. In 1559 werd het katholieke kerkbestuur in de Nederlanden gereorganiseerd, waardoor meer, kleinere en daadkrachtiger bisdommen ontstonden. Het West-Zeeuws-Vlaanderen maakte sinds dat jaar deel uit van het bisdom Brugge.

Geheime vergaderingen en beginnende openbaarheid
Protestanten bleven ook in West-Zeeuws-Vlaanderen, lang een geloofsminderheid. Vanwege de noodzaak van geheimhouding bestaat geen duidelijk beeld over hun precieze omvang. Tussen 1545 en 1566 waren er aanhangers van de ‘nieuwe leer’ in tenminste Sluis, Oostburg, Groede en Breskens. Zij kwamen soms bijeen in geheime vergaderingen (in een huis, een gasthof of in een bos), lieten zich dopen, zongen geestelijke liederen, preekten en lazen de bijbel en opwekkingsliteratuur. Hun aantal nam allengs toe en in de jaren zestig begonnen zij naar buiten te treden en kerkorganisaties onder leiding van predikanten op te zetten.

Brandstapels en beeldenstorm
Een aantal protestanten kwam in de greep van de overheid. In de jaren vijftig en zestig zijn bezoeken aan onder andere Aardenburg bekend van de Vlaamse inquisiteur Pieter Titelmans. Vanaf 1565 werden tientallen opgepakte ‘ketters’ verbannen en terechtgesteld, onder andere uit Sluis en Aardenburg. De gruwelijkste methode was de brandstapel, de traditionele sanctie op ketterij.
In 1566 uitte het radicalisme van bepaalde protestanten zich in de beeldenstorm, waarbij beelden, retabels en andere kerkschatten het moesten ontgelden. Zij beschouwden ze als quasi-afgodsbeelden en duivelse, ongelovige verleiders, kortom als blijken van katholiek bijgeloof en dus strijdig met het Eerste Gebod. West-Zeeuws-Vlaanderen heeft voor zover bekend niet te lijden gehad van de beeldenstorm. De overheid had op tijd maatregelen getroffen. Het feit dat die nodig waren wijst op een groeiende steun voor het protestantisme.

Een nieuwe ramp: 1570
Op 1 november 1570 geselde onder de naam Allerheiligenvloed een nieuwe overstromingsramp West-Zeeuws-Vlaanderen. Het water kwam op bepaalde plaatsen zelfs nog hoger te staan dan in 1530. Voor de zoveelste keer werden de eilanden Wulpen, Cadzand en Biervliet toegetakeld. Maar voor de bewonderenswaardige zoveelste keer begon men met herstel van de beschadigde dijken. Het herstel vorderde echter veel langzamer dan na de vloeden van 1530 en 1532, omdat inmiddels een middelen, land en mensenlevens verslindende andere ramp was uitgebroken: de Tachtigjarige Oorlog.